Cuando ingresa o sale del país los viajeros y mercancías tienen que someterse a controles aduaneros, para ello la aduana cumple una función importante para regular, ya que es un ente técnico administrativo que se encarga del ingreso, permanencia y salida de mercancías, cada uno de esos puntos coinciden con una frontera aérea, terrestre y marítima, en total son siete aduanas en Costa Rica las cuales se enumeran a continuación:
ADUANA DE CALDERA: comprende de la provincia de San José, el cantón de Turrubares; de la provincia de Alajuela, los cantones de San Mateo y Orotina; de la provincia de Puntarenas, los cantones de Puntarenas, Esparza, Montes de Oro, Aguirre, Parrita y Garabito.
ADUANA CENTRAL: comprende de la provincia de San José los cantones Central, Escazú, Desamparados, Tarrazú, Aserrí, Goicoechea, Alajuelita, Coronado, Acosta, Tibás, Moravia, Montes de Oca, Dota, Curridabat, Pérez Zeledón y León Cortés. De la provincia de Heredia, los cantones Santo Domingo, San Rafael, San Isidro y San Pablo. En la provincia de Cartago se ubica el Puesto de Aduana Postal, instalada en la oficina central de Correos de Costa Rica en Zapote.
ADUANA LA ANEXIÓN: comprende de la provincia de Guanacaste, los cantones de Liberia, Nicoya, Santa Cruz, Bagaces, Carrillo, Cañas, Tilarán, Abangares, Nandayure y Hojancha.
ADUANA DE LIMÓN: comprende de la provincia de Limón, los cantones de Limón, Pococí, Siquirres, Matina, Talamanca y Guácimo. Tiene a su cargo el Puesto de Aduana Sixaola.
ADUANA DE PASO CANOAS: comprende de la provincia de Puntarenas, los cantones de Coto Brus, Corredores, Buenos Aires, Osa y el Puesto de Aduana de Golfito.
ADUANA DE PEÑAS BLANCAS: comprende de la provincia de Guanacaste, el cantón de La Cruz; de la provincia de Alajuela, los cantones Los Chiles, Upala y Guatuso. Tiene a su cargo el Puesto de Aduana Los Chiles.
ADUANA SANTAMARÍA: comprende de la provincia de San José, los cantones de Puriscal, Mora y Santa Ana; de la provincia de Heredia, los cantones de Heredia, Barva, Santa Bárbara, Belén, Flores y Sarapiquí; de la provincia de Alajuela, el cantón de Alajuela, San Ramón, Grecia, Atenas, Naranjo, Palmares, Poás, Alfaro Ruiz y Valverde Vega. Tiene a su cargo el Puesto de Aduana Tobías Bolaños.